Особая страница в истории римско-католической общины Запорожья была открыта после апостольского благословения Святейшего Отца Иоанна Павла II и стало тем светом, благодатным лучом, который щедро осветил и освятил путь к воздвижению храма Бога Отца Милосердного.

В апреле 1997 года Папа Иоанн Павел II передал свое благословение всему Запорожью через настоятеля римско-католической общины г. Запорожья о. Яна Собило. Личная встреча со Святейшим Отцом состоялась благодаря усилиям отца Мечислава Мокшицкого в то время личного секретаря Папы Иоанна Павла II.

В конце 1997 года о. Ян обратился к городским властям с просьбой о выделении участка земли под строительство храма, и вопрос был решен положительно. 5 апреля 1998 года в Вербное Воскресенье епископ Станислав Падевский освятил землю под строительство храма в центре города Запорожья.

7 декабря 1998 года Папа Иоанн Павел II освятил краеугольный камень, взятый из основания Базилики Святого Апостола Петра в Риме. А 7 октября 1999 года в первый четверг месяца в память Матери Божьей Священного Розария при участии католических и православных епископов и священников, а также верующих других христианских конфессий, краеугольный камень был заложен в стену строящегося Храма Бога Отца Милосердного. Торжественную Литургию возглавлял епископ Леон Дубравский.

20 февраля 2000 года епископ Леон Дубравский и отец Ян Собило были приглашены на обед к Иоанну Павлу II. В конце обеда Папа благословил строительство храма Бога Отца Милосердного и оставил свою подпись под проектом строительства.

4 мая 2002 года Святейший Отец Иоанн Павел II основал новую Харьковско-Запорожскую епархию и назначил епископом Станислава Падевского, который основал в Запорожье свою резиденцию и епархиальное управление.